学校总体发展目标定位为培养出更多“下得去、用得上、留得住”的应用型技术技能型人才，服务新疆尤其是南疆的现代化建设、基础教育和少数民族教育，学院以满足南疆及喀什地区土木建筑行业和企业对生产一线工程师的人才需求，服务区域经济社会，满足社会需求。本专业的性质、人才培养规格、毕业生的去向都与学校的办学定位相符合。

土木工程学院共有土木工程和给排水科学与工程二个本科专业。

土木工程专业是喀什大学转型发展试点专业，是城乡建设专业集群核心专业。以培养德、智、体、美全面发展，适应社会主义建设和社会发展需求，从事建筑工程中结构设计、施工组织、工程监理、工程预算和管理工作，专业技能全面的应用型、具有工程实践能力、具备较好创新意识的土木工程师人才。培养掌握土木工程学科的基本理论、基本知识和基本技能，具有较强的动手能力、工程思维、分析问题解决问题的能力，具备运用土木工程相关知识和使用计算机解决实际问题的能力，具有良好数理基础，适应土木工程实践需求的应用型人才。

给排水科学与工程是新建专业，目前2017秋季开始招生。本专业培养具有适应喀什地区未来发展需要，德、智、体全面发展，知识面宽、能力强、素质高、富有创新精神的高级专门人才。了解给排水科学与工程领域的理论前沿、工程技术的应用前景和发展动态，具有较熟练地应用所学专业知识和理论解决工程实际问题的能力，具有从事本专业规划、设计、运营和管理的能力，具有较强的创新意识及进行本专业相关产品开发和设计、技术改造与创新的初步能力；了解应对水危机与水污染突发事件的知识；具有立足于本专业良好的质量、环境、职业健康、安全和服务意识；掌握当代给水排水工程学科的知识，获得给水排水设备工程师基本训练的高级工程技术人才。